La Revolución de Mayo y la Independencia no alteraron sustancialmente la realidad de neuquen. Al promediar el siglo XIX, Neuquen estaba poblada básicamente por tres parcialidades indígenas: la de los picunches, de la familia mapuche, que estaba situada entre los ríos Barrancas y Covunco, y que era liderada por el cacique Purrán; la instalada en la cuenta del Aluminé, también de la familia mapuche, y que eran dirigidos por un hermano de Calfucurá, el cacique Reuque Curá; y la de los llamados manzaneros, de la familia mixta mapuche-pámpida, comandada por el cacique Sahihueque.
Entre 1860 y 1878, el país abordó la necesidad de definir el territorio nacional que se encontraba comprendido fuera de los ámbitos provinciales. Fruto de esta preocupación fueron las leyes nacionales 28 (1862), 215 (1867) y 947 (1878).
La primera forma de organización política territorial austral surgió de la ley 954 (también del año 1878), que creó la Gobernación de la Patagonia, de características similares a las de la Gobernación del Chaco. La nueva disposición estableció que Mercedes de Patagones -actualmente, Viedma-, a orillas del río Negro, sería la sede de las autoridades. Además de los motivos específicos de soberanía nacional, la importancia de la región provenía de su condición de territorio de tránsito en el tráfico de ganado hacia Chile y, como tal, de su incidencia en el sistema de fijación de precios en el mercado internacional que se abastecía vía del Pacífico.
Una de las tareas más apremiantes que se planteó la nueva política fue la del impulsar el poblamiento europeo de la nueva gobernación. En función de este objetivo, las autoridades nacionales se dieron una estrategia de negociación con los caciques indios, adoptando la táctica de dividir para gobernar: se reconoció el gobierno de Sahihueque sobre el Pehuén Mapu -Tierra de los Sahihueques- y sobre el País de las Manzanas.